GFS: fuzzy preprocessing for effective gene expression analysis

BMC Bioinformatics

Table 6 DMD – Significance comparison of size of subnetworks induced by high-variance genes in preprocessed output; p ₁ = p-value using first three PCs, p ₂ = p-value using PC2, PC3 only

	Raw			Scaled			Z-score			Quantile			GFS
Size	freq	p ₁	p ₂	freq	p ₁	p ₂	freq	p ₁	p ₂	freq	p ₁	p ₂	freq	p ₁	p ₂
2	74	0.901	0.903	970	0.429	0.415	57	0.995	0.995	104	0.298	0.278	85	0.015	0.009
3	83	0.004	0.007	44	0.649	0.644	23	0.999	0.999	40	0.794	0.777	81	0.000	0.000
4	19	0.817	0.799	22	0.660	0.643	17	0.894	0.894	18	0.861	0.861	28	0.002	0.004
5	15	0.337	0.324	11	0.692	0.665	12	0.588	0.586	13	0.499	0.485	18	0.001	0.000
6	7	0.536	0.521	11	0.147	0.145	7	0.536	0.521	10	0.213	0.206	11	0.000	0.000
7	8	0.084	0.106	12	0.005	0.005	4	0.521	0.519	10	0.021	0.022	9	0.000	0.000
8	7	0.025	0.018	6	0.053	0.045	3	0.379	0.392	6	0.053	0.045	3	0.019	0.011
9	1	0.598	0.615	5	0.029	0.031	3	0.182	0.148	7	0.004	0.008	4	0.000	0.002
10	2	0.209	0.229	1	0.449	0.467	3	0.089	0.084	2	0.209	0.229	2	0.007	0.007
11	2	0.134	0.140	5	0.001	0.001	1	0.372	0.372	2	0.134	0.140	1	0.012	0.006
12	4	0.006	0.003	3	0.021	0.027	-	-	-	3	0.021	0.027	1	0.005	0.003
13	3	0.017	0.016	2	0.078	0.077	3	0.017	0.016	2	0.078	0.077	2	0.000	0.001
14	3	0.011	0.012	1	0.200	0.189	3	0.011	0.012	-	-	-	1	0.000	0.002
15	2	0.054	0.039	3	0.012	0.009	1	0.181	0.164	1	0.181	0.164	2	0.000	0.000
16	3	0.004	0.002	-	-	-	-	-	-	1	0.133	0.142	2	0.000	0.000
17	1	0.104	0.091	-	-	-	-	-	-	2	0.016	0.019	1	0.000	0.000
18	1	0.097	0.072	-	-	-	-	-	-	1	0.097	0.072	-	-	-
19	1	0.058	0.073	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1	0.000	0.000
20	1	0.041	0.040	1	0.041	0.040	-	-	-	-	-	-
21	-	-	-	-	-	-	1	0.026	0.038	-	-	-	1	0.000	0.000
28	-	-	-	1	0.001	0.000	-	-	-	-	-	-	-	-	-

ISSN: 1471-2105