Skip to main content

Table 6 DMD – Significance comparison of size of subnetworks induced by high-variance genes in preprocessed output; p 1 = p-value using first three PCs, p 2 = p-value using PC2, PC3 only

From: GFS: fuzzy preprocessing for effective gene expression analysis

  Raw Scaled Z-score Quantile GFS
Size freq p 1 p 2 freq p 1 p 2 freq p 1 p 2 freq p 1 p 2 freq p 1 p 2
2 74 0.901 0.903 970 0.429 0.415 57 0.995 0.995 104 0.298 0.278 85 0.015 0.009
3 83 0.004 0.007 44 0.649 0.644 23 0.999 0.999 40 0.794 0.777 81 0.000 0.000
4 19 0.817 0.799 22 0.660 0.643 17 0.894 0.894 18 0.861 0.861 28 0.002 0.004
5 15 0.337 0.324 11 0.692 0.665 12 0.588 0.586 13 0.499 0.485 18 0.001 0.000
6 7 0.536 0.521 11 0.147 0.145 7 0.536 0.521 10 0.213 0.206 11 0.000 0.000
7 8 0.084 0.106 12 0.005 0.005 4 0.521 0.519 10 0.021 0.022 9 0.000 0.000
8 7 0.025 0.018 6 0.053 0.045 3 0.379 0.392 6 0.053 0.045 3 0.019 0.011
9 1 0.598 0.615 5 0.029 0.031 3 0.182 0.148 7 0.004 0.008 4 0.000 0.002
10 2 0.209 0.229 1 0.449 0.467 3 0.089 0.084 2 0.209 0.229 2 0.007 0.007
11 2 0.134 0.140 5 0.001 0.001 1 0.372 0.372 2 0.134 0.140 1 0.012 0.006
12 4 0.006 0.003 3 0.021 0.027 - - - 3 0.021 0.027 1 0.005 0.003
13 3 0.017 0.016 2 0.078 0.077 3 0.017 0.016 2 0.078 0.077 2 0.000 0.001
14 3 0.011 0.012 1 0.200 0.189 3 0.011 0.012 - - - 1 0.000 0.002
15 2 0.054 0.039 3 0.012 0.009 1 0.181 0.164 1 0.181 0.164 2 0.000 0.000
16 3 0.004 0.002 - - - - - - 1 0.133 0.142 2 0.000 0.000
17 1 0.104 0.091 - - - - - - 2 0.016 0.019 1 0.000 0.000
18 1 0.097 0.072 - - - - - - 1 0.097 0.072 - - -
19 1 0.058 0.073 - - - - - - - - - 1 0.000 0.000
20 1 0.041 0.040 1 0.041 0.040 - - - - - -    
21 - - - - - - 1 0.026 0.038 - - - 1 0.000 0.000
28 - - - 1 0.001 0.000 - - - - - - - - -