Table 2 Parameter settings for each OrthoReD execution on each dataset
From: OrthoReD: a rapid and accurate orthology prediction tool with low computational requirement
Dataset | Similarity search | n* | MAFFT options | |
|---|---|---|---|---|
ReD_s.aln | FLY | NCBI | 4 | --localpair --retree 2 --maxiterate 1000 |
ReD_f.aln | FLY | NCBI | 4 | --6merpair --retree 2 --maxiterate 1000 |
ReD_AB | PLANT | AB | 5 | --6merpair --retree 2 --maxiterate 1000 |
ReD_SW | PLANT | SWIPE | 5 | --6merpair --retree 2 --maxiterate 1000 |
ReD_n5 | PLANT | NCBI | 5 | --6merpair --retree 2 --maxiterate 1000 |
ReD_n6 | PLANT | NCBI | 6 | --6merpair --retree 2 --maxiterate 1000 |
ReD_n7 | PLANT | NCBI | 7 | --6merpair --retree 2 --maxiterate 1000 |
ReD_n8 | PLANT | NCBI | 8 | --6merpair --retree 2 --maxiterate 1000 |
ReD_n9 | PLANT | NCBI | 9 | --6merpair --retree 2 --maxiterate 1000 |
ReD_n10 | PLANT | NCBI | 10 | --6merpair --retree 2 --maxiterate 1000 |
ReD_n4 | ACTINO | NCBI | 4 | --6merpair --retree 2 --maxiterate 1000 |