Table 3 Range of clusters selected using different model selection criteria for the cranberry bean RNA-seq dataset for T6, repeated 20 times
From: A multivariate Poisson-log normal mixture model for clustering transcriptome sequencing data
| Â | BIC | ICL | AIC | AIC3 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Method | Range | Breakdown | Range | Breakdown | Range | Breakdown | Range | Breakdown |
HTSCluster | 97–100 | 97(1); 99(4); 100 (15) | 97–100 | 97(1); 99(4); 100 (15) | 100–100 | 100(20) | 99–100 | 99(2); 100(18) |
Poisson.glm.mix, m = 1 | 100–100 | 100(20) | 100–100 | 100(20) | 100–100 | 100(20) | 100–100 | 100(20) |
Poisson.glm.mix, m = 2 | 99–100 | 99(1); 100(19) | 99–100 | 99(1); 100(19) | 99–100 | 99(1); 100(19) | 99–100 | 99(1); 100(19) |
Poisson.glm.mix, m = 3 | 100–100 | 100(20) | 100–100 | 100(20) | 100–100 | 100(20) | 100–100 | 100(20) |
MBCluster.Seq, NB | 2–2 | 2(20) | 2–2 | 2(20) | 2–2 | 2(20) | 2–2 | 2(20) |
| Â | Djump | |||||||
Method | Range | Breakdown | ||||||
HTSCluster | 36–76 | 36(1); 38(1); 43(1); 44(3); 46(1); 47(1); 49(2); 50(2); 51(3); 54(2); 63(1); 68(1); 76(1) | ||||||
Poisson.glm.mix, m = 1 | 21–74 | 21(1); 24(1); 29(1); 35(1); 37(1); 38(1); 40(1); 42(1); 44(1); 45(1); 47(1); 49(1); 56(1); 60(1); 63(2); 64(1); 66(1); 68(1); 74(1) | ||||||
Poisson.glm.mix, m = 2 | 20–68 | 20(1); 28(3); 33(1); 35(1); 38(1); 40(1); 44(1); 47(2); 49(1); 50(1); 53(1); 55(2); 60(2); 63(1); 68(1) | ||||||
Poisson.glm.mix, m = 3 | 23–77 | 23(1); 33(1); 35(2); 39(1); 40(1); 41(1); 42(1); 45(2); 47(1); 50(2); 52(1); 55(1); 56(1); 65(1); 67(1); 69(1); 77(1) | ||||||
MBCluster.Seq, NB | 28–66 | 28(2); 29(1); 38(1); 39(1); 42(4); 46(1); 47(1); 51(1); 52(1); 55(1); 57(1); 58(1); 59(1); 64(1); 65(1); 66(1) | ||||||
| Â | DDSE | |||||||
Method | Range | Breakdown | ||||||
HTSCluster | 22–63 | 22(1); 29(2); 36(1); 37(1); 38(1); 41(1); 43(1); 44(3); 46(1); 47(1); 49(2); 50(1); 51(2); 54(1); 63(1) | ||||||
Poisson.glm.mix, m = 1 | 33–77 | 33(1); 34(1); 43(1); 46(1); 47(1); 49(1); 50(1); 52(1); 54(1); 56(1); 59(2); 60(1); 63(2); 65(1); 66(1); 67(1); 70(1); 77(1); | ||||||
Poisson.glm.mix, m = 2 | 33–87 | 33(1); 40(1); 47(1); 49(1); 53(1); 54(1); 55(1); 59(1); 60(3); 63(1); 66(1); 68(1); 70(1); 71(1); 74(2); 83(1); 87(1) | ||||||
Poisson.glm.mix, m = 3 | 36–71 | 36(1); 40(1); 42(2); 44(1); 45(1); 46(2); 47(1); 48(1); 49(1); 50(2); 52(1); 56(1); 61(1); 64(1); 65(1); 69(1); 71(1) | ||||||
MBCluster.Seq, NB | 44–70 | 44(1); 46(2); 47(3); 51(1); 53(1); 54(1); 55(2); 56(1); 57(3); 58(1); 59(1); 62(2); 70(1) | ||||||