Research on predicting 2D-HP protein folding using reinforcement learning with full state space

BMC Bioinformatics

Table 2 HP sequence set for testing

Sequence No.	HP Sequence	Length	Known lowest energy	Rigid criterion	Flexible criterion	Greedy algorithm	Partial state space
1	HPPHHPH [32]	7	−2	−2	− 2	-2	-2
2	HPHHHPHHPH [32]	10	−4	− 4	− 4	− 4	− 4
3	HPPHPPPPHPPHP [33]	13	−4	− 4	−2	− 4	−3
4	HHPHPPHPHPHHPH [32]	14	−6	− 6	− 5	−6	− 6
5	HPHHHHHHHHHPHH	14	−7	− 7	− 7	− 7	− 7
6	HHHPPHHHHHPHHH	14	− 7	− 7	−7	− 7	− 6
7	HHHHHPPHHHHPHH	14	−7	−7	−6	− 7	− 6
8	HPHHPPPHHHHHHH	14	−6	− 6	−5	− 6	− 6
9	HHHPHHPPPHHPHH	14	−6	−6	−5	− 6	−6
10	HHPHHHHHPPPPPH	14	−4	−4	− 4	− 4	− 4
11	HHPPHHHPHPPHPH	14	−6	−6	−5	− 6	− 4
12	HHHPPPPHPHHPHH	14	−5	− 5	− 5	−5	− 5
13	HPHPPHHPHPPHPHHPPHPH [34]	20	− 9	− 9	− 4	−8	− 6
14	HHHPPHPHPHPPHPHPHPPH [34]	20	−10	− 10	−7	− 9	− 8
15	HHHHHPHHPHHHHPPHHHHHH	21	− 12	− 12	−9	− 11	− 11
16	PHPPHPHHHPHPPHPHHHPPH	21	−9	− 9	−4	− 9	− 7

ISSN: 1471-2105