Table 2 SOM-VN improved precision and recall over CAGT and magnitude-based models

A549

CAGT

0.14

0.53

0.24

0.10

0.77

0.58

Magnitude

0.15

1.00

N/A

N/A

0.05

0.00

SOM-VN

0.19

0.86

0.29

0.05

0.90

0.67

GM12878

CAGT

N/A^a

N/A

N/A

N/A

0.76

1.00

Magnitude

N/A

N/A

N/A

N/A

0.82

1.00

SOM-VN

0.60

0.50

N/A

N/A

0.82

0.97

B-Cell (L)

CAGT

N/A

N/A

0.12

0.18

0.81

0.76

Magnitude

0.07

0.94

0.60

0.15

0.05

0.00

SOM-VN

0.63

0.13

0.25

0.28

0.83

0.88

B-Cell (H)

CAGT

N/A

N/A

0.27

1.00

0.22

0.00

Magnitude

0.06

0.99

0.11

0.00

0.14

0.00

SOM-VN

0.58

0.36

0.43

0.88

0.93

0.72

Brain (L)

Magnitude

N/A

N/A

N/A

N/A

0.84

1.00

SOM-VN

N/A

N/A

N/A

N/A

0.83

1.00

Brain (H)

Magnitude

0.12

1.00

N/A

N/A

N/A

N/A

SOM-VN

0.50

0.33

0.37

0.32

0.81

0.89

H1 (L)

CAGT

0.05

0.71

N/A

N/A

0.64

0.10

Magnitude

0.09

1.00

N/A

N/A

0.05

0.00

SOM-VN

0.22

0.80

N/A

N/A

0.89

0.86

H1 (H)

CAGT

N/A

N/A

N/A

N/A

0.68

1.00

Magnitude

N/A

N/A

N/A

N/A

0.78

1.00

SOM-VN

0.57

0.57

N/A

N/A

0.76

0.96

Heart (L)

CAGT

N/A

N/A

0.42

0.05

0.76

0.99

Magnitude

N/A

N/A

0.14

0.00

0.76

1.00

SOM-VN

0.73

0.04

0.45

0.45

0.84

0.92

Heart (H)

CAGT

N/A

N/A

0.36

0.94

0.78

0.20

Magnitude

N/A

N/A

0.02

0.00

0.72

1.00

SOM-VN

0.25

0.01

0.43

0.96

0.96

0.52

HeLa (L)

CAGT

N/A

N/A

N/A

N/A

0.74

1.00

Magnitude

N/A

N/A

N/A

N/A

0.78

1.00

SOM-VN

0.41

0.66

0.30

0.00

0.84

0.92

HeLa (H)

CAGT

0.25

0.12

N/A

N/A

0.65

0.94

Magnitude

N/A

N/A

N/A

N/A

0.76

1.00

SOM-VN

0.32

0.73

0.35

0.04

0.81

0.76

Stomach (L)

CAGT

N/A

N/A

N/A

N/A

0.69

1.00

Magnitude

N/A

N/A

0.05

0.00

0.74

1.00

SOM-VN

0.60

0.22

0.41

0.11

0.77

0.97

Stomach (H)

CAGT

0.22

0.14

0.30

0.80

0.65

0.18

Magnitude

0.14

0.00

N/A

N/A

0.70

1.00

SOM-VN

0.61

0.31

0.38

0.88

0.91

0.62