Skip to main content

Table 1 Statistics on simulated human datasets

From: Fast and SNP-aware short read alignment with SALT

Aligner Arg Sen (%) Acc (%) Uniq (%) Unmapped T1 T4
dataset 1: sim-70
 SALT.snp -r 21 99.48 94.15 86.87 20,803 8 m 56 s 2 m 12 s
-r 10 99.50 94.18 86.69 19,922 10 m 26 s 2 m 29 s
-r 5 99.54 94.24 86.49 18,382 12 m 56 s 3 m 1 s
 SALT.linear -r 21 99.46 94.15 86.88 21,682 9 m 54 s 2 m 23 s
-r 10 99.48 94.18 86.71 20,602 10 m 14 s 2 m 38 s
-r 5 99.53 94.23 86.52 18,617 11 m 59 s 2 m 38 s
 BWA-MEM   100.00 93.83 92.29 60 11 m 56 s 2 m 59 s
dataset 1: sim-100
 SALT.snp -r 21 99.68 95.67 90.74 12,667 9 m 52 s 2 m 32 s
-r 10 99.70 95.71 90.59 12,022 12 m 6 s 3 m4 s
-r 5 99.70 95.72 90.51 11,829 15 m 4 s 3 m 51 s
 SALT.linear -r 21 99.68 95.67 90.78 12,817 9 m 6 s 2 m 23 s
-r 10 99.70 95.71 90.64 12,067 10 m 51 s 2 m 48 s
-r 5 99.70 95.72 90.56 11,856 13 m 3 s 3 m 32 s
 BWA-MEM   100.00 95.34 93.54 1 14 m 11 s 3 m 36 s
dataset 2: sim-150
 SALT.snp -r 21 99.86 96.72 92.21 5448 12 m 52 s 3 m 20 s
-r 10 99.87 96.73 92.22 5235 16 m 4 s 4 m 9 s
-r 5 99.87 96.73 92.15 5151 21 m 16 s 5 m 25 s
 SALT.linear -r 21 99.86 96.72 92.32 5482 13 m 30 s 3 m 6 s
-r 10 99.87 96.72 92.34 5265 14 m 19 s 3 m 43 s
-r 5 99.87 96.73 92.28 5179 18 m 4 s 4 m 40 s
BWA-MEM   100.00 96.35 94.36 0 20 m 20 s 5 m 35 s
  1. SALT.linear and SALT.snp seed alignments with a linear reference and an SNP-augmented reference, respectively
  2. SALT selects k-mers in reads every X nt with the setting “-r X”
  3. T1 and T4 are escaped time with 1 thread and 4 threads, respectively
  4. Best results are shown in bold