Table 1 Suffix-array and LCP array
Input: CCCTAG$ACCTCTAGAGGT | |||
|---|---|---|---|
i | SA[i] | Suffix | LCP[i] |
0 | 6 | $ACCTCTAGAGGT | – |
1 | 7 | ACCTCTAGAGGT | 0 |
2 | 4 | AG$ACCTCTAGAGGT | 1 |
3 | 13 | AGAGGT | 2 |
4 | 15 | AGGT | 2 |
5 | 0 | CCCTAG$ACCTCTAGAGGT | 0 |
6 | 1 | CCTAG$ACCTCTAGAGGT | 2 |
7 | 8 | CCTCTAGAGGT | 3 |
8 | 2 | CTAG$ACCTCTAGAGGT | 1 |
9 | 11 | CTAGAGGT | 4 |
10 | 9 | CTCTAGAGGT | 2 |
11 | 5 | G$ACCTCTAGAGGT | 0 |
12 | 14 | GAGGT | 1 |
13 | 16 | GGT | 1 |
14 | 17 | GT | 1 |
15 | 18 | T | 0 |
16 | 3 | TAG$ACCTCTAGAGGT | 1 |
17 | 12 | TAGAGGT | 3 |
18 | 10 | TCTAGAGGT | 1 |